マニュアルを読んでいて知りました。
vimrcに以下を追加すればOKです。
letg:vimfiler_enable_auto_cd =1ググってもなかなか出てこなかったのでQiitaにメモしておきます。
上記についてdocの該当箇所も貼っておきます。
g:vimfiler_enable_auto_cd *g:vimfiler_enable_auto_cd*
This variable controls whether vimfiler change Vim current
directory using |g:unite_kind_openable_lcd_command|
automatically.
Note: This variable works in file source.
Default value is 0
参考
https://github.com/Shougo/vimfiler.vim/blob/master/doc/vimfiler.txt