やりたいこと

vimでの置換で苦しむ
　[ や" や (space)をうまく認識できない。\でエスケープしてもできなかったりする。
　また、任意の文字が入った外側の文字を置換したい場合に対応できない。

　解決法

\v　をつけて一般の（？）正規表現を使えるようにする

例
:%s/\v([.])//gc
で[1]、[2]などの[]で囲まれ、中身が一文字の場所を全て置換できます。

　ちなみにg（global?)は一括置換を意味するコマンドですが、よほど自身がない限り、c(check?)をつけることを勧めます。
　
　y or n を押すと置換するかどうかを1つずつ選択できます。

問題点

今までできた単純な置換が\vだと弾かれたりしたので（どんなケースはダメかわかればあとで書きます）、単純な置換は\vをつけずにやった方がいいかもです。