ものすごく条件が限定された状態で起きるタイトルの件ですが、もし同じような人がいたらご参考に。
下記みたいな現象の回避策です。
おわかりいただけただろうか。
わかる人しかわからないだろうけど、タイトルの通り、Vagrant上のubuntuにマウスでフォーカスした後、
ホストOS上のPutty上のVimにフォーカスが移るとNumLockが押された状態になるようで、そうすると
Vimのヘルプがいちいち開いてしまいます。
回避策はPuttyの設定画面で「端末→高度な設定→アプリケーションキーパッドを無効にする」に
チェックを入れるだけです。