vimは ~/.vimディレクトリを読むのに対し gvimは~/vimfilesディレクトリを読むためだそうです。Windowsならジャンクションを作りましょう。
cd /d %homepath%
mklink /j vimfiles .vim
参考:
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vim-plugを設定したvim用.vimrcがある状態でgvimを起動しようとしたら"E117: 未知の関数です: plug#begin"
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