Vim

利点

• ハイライトが優秀
• キーバインドもコード書くときには優秀

サーバーの設定書くのに必須なので覚えるべき。
マイナー言語を初めて書くときなども使う。

欠点

• 日本語を入力するのには向かないと思う。
• プラグインが無能なことがある。

Emacs

利点

• プラグインがめちゃめちゃ優秀なことがある。
• キーバインド覚えるとVim環境がないところでのコードが書きやすい。
• 日本語入力のときには使える。

CoqやHaskellなどはEmacsで書くべき言語だし、日本語入力もEmacsキーバインドで書く。
また、GASやQiitaなどのWebブラウザで書く環境の場合は、Emacsキーバインドに微妙に対応していることも多いので使えると便利。

欠点

• キーバインド少ない。
• サーバーで使うときには入ってないこともあるのでインストールしないといけない。

結論

サーバーの設定はVim, 日本語も書くときはEmacs, プログラミングは言語によって使い分け。
つまり、両方覚えて両方使おう。