1度に設定する方法を教えていただいたので修正しておきます
vimdiff -c 'windo set wrap' file1 file2
参考リンク
https://stackoverflow.com/questions/16840433/forcing-vimdiff-to-wrap-lines
https://vim-jp.org/vimdoc-ja/windows.html#:windo
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vimdiffでテキストを折り返す
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