El Capitan(10.11.4)
MacVim 7.4
で確認しています。
Ctrl+Uには半ページ戻るがキーバインドされているわけですが、なぜか効かない。効かないとストレス。
なんか変な設定加えたっけ、と.vimrcや.gvimrcをコメントアウトしても症状変わらず。
結局頼りになるのはstackoverflow先生。
Ctrl-U doesn't work in MacVim
http://stackoverflow.com/questions/29712392/ctrl-u-doesnt-work-in-macvim
なんとことえりの設定のせいらしい。
El Capitanのlive conversionをONにした時、Enterを2回叩かないと確定しないのがうざくて、Windows-like shortcutsをONにしたのでした。（こうするとEnter1回で確定する)
live conversionをOFF、Windows-like shortcutsもOFF。
これでCtrl+Uが復活。
めでたしめでたし。