DOCTYPE宣言しているファイルだとちゃんと色がつくのですが、
インクルードファイルだと色がつかないのです 
vimrcに以下の設定の記述します。
NeoBundle 'nikvdp/ejs-syntax'
autocmd BufNewFile,BufRead *.ejs set filetype=ejs
autocmd BufNewFile,BufRead *._ejs set filetype=ejs
function! s:DetectEjs()
if getline(1) =~ '^#!.*\<ejs\>'
set filetype=ejs
endif
endfunction
autocmd BufNewFile,BufRead * call s:DetectEjs()
参考URL
http://stackoverflow.com/questions/4597721/syntax-highlight-for-ejs-files-in-vim